清宣统二年（1910），为接收山东省移民垦殖，建立启元、元二、元三等诸屯（即今头村、二村、三村等），属临江府管辖。
1914年隶属同江县。
1939年设立三村。
1946年6月，隶属同江区。
1949年划归富锦县管辖后，同年6月改隶第十区。
1956年5月，设置三村乡。
1958年9月，成立三村人民公社。
1959年4月，划归抚远县管辖。
1965年8月，又划归同江县管辖。
1984年改称三村乡。
1997年5月，改设三村镇。
名称沿用至今。