清初，来此地的采金者将村落建在形似骆驼的山峰中，得名“驼腰子”，隶属三姓副都统管辖。
清末民初，隶属桦川县久泰区。
1930年隶属桦川县第五区。
东北沦陷后，初隶永丰镇保，后隶小石头河村。
1946年6月划归新设置的桦南县管辖，设驼腰子特别乡。
1947年4月设驼腰子区。
1950年7月改为第六区。
1956年桦南县并入桦川县后，设驼腰子乡。
1958年9月，改称驼腰子人民公社。
1964年复归桦南县管辖。
1984年4月，改为驼腰子乡。
1988年3月，改设驼腰子镇，名称沿用至今。