讷南村，原名“官货店”。
清宣统二年（1910），以官款由湖北移民建立“湖北垦民”7屯，名为“官货店”，隶属讷河直隶厅管辖。
1913年由山东移民于官货店西建屯开荒，取名山东头屯，后改为“鲁民屯”，隶属讷河县第二区管辖。
东北沦陷后，初设讷南镇，隶属讷南镇区管辖。
1938年1月改设讷南村。
1946年4月设置讷南区，1948年改为第六区，1955年5月复改讷南区。
1956年4月，撤区划乡，分设讷南、鲁民、兴业、巨和4个乡。
1958年9月，将4个乡合并成立讷南人民公社。
1966年8月，将南部地区划出设置巨和公社。
1984年4月，将讷南公社改为讷南乡，同年11月改为讷南镇。
2008年4月，撤销讷河镇，将讷河镇管辖3个行政村划入讷南镇。
名称沿用至今。