清道光十六年（1836）称“达乎尔店”，曾译写作“达胡尔店”“达胡店＂“达呼里店”，后改称今名，隶属齐齐哈尔副都统管辖。
清末，达呼店一带，先后隶属黑水厅、龙江府管辖。
中华人民共和国时期，隶属龙江县第三区管辖。
东北沦陷后，初为达胡店乡保，后改设达胡店村。
1945年“九三”战争胜利后，1946年6月设置达胡店区，后改为第八区。
1954年10月，划归齐齐哈尔市，设置达呼店区。
1956年5月，并村划乡，设置达呼店乡。
1958年12月，并人雅尔塞农场，1966年改为雅尔塞人民公社。
1978年从雅尔塞公社划出，设置达呼店公社。
1984年1月，改为达呼店乡。
1990年12月，改设达呼店镇。