南孟镇系藁城八大自然镇之一。
明，设南孟社。
清，设南孟营。
民国，全县划分五个区，属五区（北区）。
1938年4月，藁城县抗日民主政府成立，全县划分八个区，归八区。
1947年11月，藁城恢复原建制，先后划分八、十三个区，先后为八、十区管辖。
中华人民共和国成立后，全县先后划分十、七个区，为八、六区管辖。
1953年7月，全县划分96个乡，设南孟乡，下辖2村，1955年改称南孟区南孟乡。
1956年6月撤区并乡，设南孟乡，下辖8村。
1958年，“人民公社化”时，为张家庄人民公社管辖。
1961年5月，缩小公社规模，设立南孟人民公社，下辖7个生产大队。
1984年，公社改乡镇建制，改称南孟乡，6月改设南孟镇，下辖7个村民委员会。
1996年1月，撤乡扩镇，撤韩家洼乡，并入南孟镇，下辖14村民委员会至今。