南董镇系藁城县八大自然镇之一。
明，属堤里社。
清，设南董营。
民国，全县划分五个区，属三区（西区）。
1938年4月，藁城县抗日民主政府成立，全县划分八个区，归六区。
1947年11月，藁城县恢复原建制，先后划分八、十三个区，先后为六、八区管辖。
中华人民共和国成立后，先后划分十、七个区，先后为六、五区管辖。
1953年7月，全县划分96个乡，设南董镇，下辖2村。
1955年改称南董区南董镇。
1956年6月撤区并乡，设南董乡，下辖8村。
1958年，“人民公社化”时，设南董人民公社，下辖36村。
1961年5月，缩小公社规模，设南董人民公社，下辖6生产大队。
1984年1月，公社改乡镇建制，改称南董乡，6月，改为南董镇，下辖6个村民委员会。
1996年撤乡扩镇，撤销四公乡、并入南董镇，下辖16村民委员会至今。