元朝时属顺元路贵筑长官司。
明代属新贵县之北上里和北下里，今都堡、长田、星中、新埔、高峰、安全、全心六村境属贵筑长官司，大寨、三寨、西冲、独山、大木、小木六村境属新贵县。
1915年划属修文县管辖。
1942年今乡境统一由沿河乡管辖。
1947年，沿河乡更名为桃源乡。
1952年析建为六屯乡、桃源乡两乡。
1953年，六屯乡析建六屯、长田、农场三乡。
桃源乡又析建桃源、独冲、双木三乡。
1958年，改置人民公社，成立飞跃公社。
1959年，全县合并为5个公社，撤销飞跃公社，所辖各管区并入扎佐公社。
1961年，六屯、桃源管理区遂改为六屯公社和桃源公社，属扎佐区。
1984年，实行政、社分设，复建乡（镇）、村政权，乡（镇）辖村民委员会（属民委员会），村以下建村民小组。
六屯公社、桃源公社改称六屯乡和桃源乡，所辖各生产大队改为村委会。
1992年2月，撤区并乡，将六屯桃源两乡合并，建大乡，沿用六屯乡名。
2013年由省人民政府审批更名为六屯镇。