解放前设九堡，为孔寨乡管辖；1950年为孔寨乡第三村；1956年为五星高级社；1962年为纳壁乡五星大队；经1981年地名普查，更名为三妹孔大队；1992年为回龙镇三妹孔村。
1992年，地名普查和资料更新调查后，该村寨隶属于回龙镇；2007年9月，根据《兴仁县人民政府关于对回龙镇村级整合实施方案的批复》仁府函[2007]83号文件，同意将原来山岔村、三妹孔村整合为三妹孔村，原三妹孔村竹林湾组到新马场乡云上村，办公地点设在原山岔村的村民委员会办公室。