民国时期，实行新宪制，改区、联保为乡（镇），隶属丁里乡；1958年，建立纳院生产大队，成立纳院生产大队管理委员会，隶属双江区坝赖公社；1984年，册亨县行政区划变动，纳院生产大队管理委员会更名为纳院村民委员会，隶属坝赖乡；1991年，实行建镇并乡撤区，坝赖乡、路吉乡和打宾乡的顶肖村、伟俄村、打宾村合并为坝赖镇，纳院村委会隶属坝赖镇；1998年，纳院村委会隶属坝赖镇；2005年，坝赖镇更名为双江镇，纳院村委会隶属双江镇；2007年，实行村级整合，将纳院村和伟俄村合并为纳院村，纳院村委会隶属双江镇；2016年，行政区划调整，将达央乡和双江镇合并为双江镇，纳院村委会隶属双江镇。