唐代，为北遐峒、北遐寨地。
宋代，为驯州地。
明代，为龙门土舍。
清雍正七年（1729年），设龙门巡检司，管辖北牙、北山2圩及42个村。
清光绪三十年（1904年），巡检司裁废，清宣统二年（1910年），划为宜山县第五区（北牙区）。
民国二十二年（1933年），设有北牙乡，属宜山县怀远区。
1949年，设北牙区。
次年，设为第六区。
1957年，复为北牙乡。
1958年，设红光公社。
1962年，复为北牙区。
1966年，复为北牙公社。
1984年，北牙公社改乡，并分出部分村屯另设拉利乡。
1986年11月，成立北牙瑶族乡。
1987年8月份，析出部分村屯归新设之同德乡。
2016年12月，国务院批准撤销宜州市设立宜州区，北牙瑶族乡属宜州区。