明清时期，六巷隶属柳州府象县。
清宣统元年（1909年），瑶山内设4个瑶团，六巷为一个瑶团。
民国二十九年（1940年），国民党金秀设治局时称六巷乡为东南乡。
1952年，前属象州县管辖。
1952年5月，成立大瑶山瑶族自治区（县级）时，六巷为大瑶山长地区管辖。
1953年3月，六巷从长地乡析出设立第七区。
1955年11月，改称为六巷区。
1958年8月，成立六巷红旗人民公社。
1962年8月，撤六巷公社，恢复六巷区。
1968年12月，复称六巷公社。
1984年10月，改为六巷乡人民政府。