清光绪年间，归属番里甲。
民国初年，属番里甲团、餐甲团、甘沙团，民国二十二年（1933年），属那甲、餐甲、定禄3乡；民国三十年（1941年），撤销餐甲乡，增设隆串乡，原餐甲乡的餐村、隆斗、那腾、艾村拨归那甲；峒岜和巴明村拨归足荣乡；那禄、更怀、陇金3村拨归隆桑乡；那甲乡的平沙、多郎两村拨归多孟乡；民国三十三年（1944年）4月，将那甲乡艾村拨归隆桑乡；艾村的陇表屯拨归隆桑乡那禄村；民国三十六年（1947年）3月，调整各乡所辖范围，原隆桑乡艾村拨归那甲乡；多孟乡平沙村和念溪屯、多郎村的多郎屯，拨归那甲乡。
民国三十七年（1948年），那甲乡管辖定禄乡的新街、保境、马道、陇目、宁村、定禄6村67屯和原那甲乡8村113屯。
1951年，归属第三区。
三区共辖那甲、敦睦、定禄3乡。
1952—1954年，归属第三区，分那甲、林祥、联睦、多登、峒干、定禄、更怀、大章、乙深、地理、餐甲、大雅、新美、平沙、马道、那禄16个乡。
1956年3月，新美乡12个自然屯拨归田阳区管辖。
1958年，将区改为人民公社，三区称那甲人民公社，并重新命名为超美人民公社。
1960年，复称那甲公社。
1984年，政社分开，公社称乡，大队改称村。
2016年，根据《广西壮族自治区人民政府关于同意德保县那甲乡等3个乡改为镇建制的批复》（桂政函[2016]24号）德保县那甲乡由乡建制改为镇建制。