清道光十八年（1838年），东莞明伦堂在现万顷沙镇境域围垦。
1949年10月18日，现万顷沙镇境域解放，由东莞县万顷沙军事管制委员会接管。
1952年7月，划入珠海县第四区公所。
1955年，改称万顷沙区。
1957年3月，划入中山县，为万顷沙乡。
1958年10月，与珠江农场合并成立万顷沙公社。
1959年7月，划入番禺县。
1984年，为万顷沙区。
1987年，撤区建万顷沙镇。
2002年3月18日，原新垦镇并入万顷沙镇。
2005年10月，万顷沙镇移交南沙区。
新垦莲藕品质优良，风味独特：夏季采收的莲藕嫩白爽脆，味道甘甜清香；秋冬季节所收获的莲藕肥大丰满，味道松粉、藕香浓郁。新垦莲藕获地理标志保护产品。淀粉丰富，藕茎大，身圆而短粗。生食爽甜，可治腹泻后虚弱、
葵花鸡炖汤该汤的原料就是葵花鸡，煲汤时只加几片生姜、一点盐，不加味精，煲2个半钟即可。揭开锅盖，香味四溢，鸡的清香顿时让人食欲大振，细品一口，不仅有鸡原有的香浓，还有葵花苗的微微涩味和甜味。喝完汤以后
香味浓郁，蕉身长，蕉体饱满，肉色乳白，清香甜滑，含有大量的维生素A、B、E、黄色胡萝卜素和各种无机盐，是香蕉中的优良品种。当中的过沙香品种，其肉细嫩，带有奶香味，乃香蕉中的极品南沙区种植香蕉历史悠久，
清蒸葵花鸡原汁原味，几乎不加调料。热腾腾的鸡端上来，鸡肉带点淡黄，集清甜、甘香、骨脆的特点于一身，而且有美容养颜的功效。万顷沙十五涌百万葵园自主研发的特色产品。饲养时利用向日葵的葵叶、葵杆作饲料，将葵
“美中红”番木瓜是国外小果型品种与本地中果型品种进行杂交选育出来的适应市场鲜食需求的优良小果型品种。该品种株高153-156cm，茎粗29-32厘米，叶片数70-74片，始收期在9月底至10月初，属中
体形较比香蕉肥大，蕉肉饱满，滑甜软滑，颜色金黄。蕉皮有一绿线，熟透时蕉柄仍是青绿色，蕉顶呈紫红色，故有“红嘴绿莺哥”的美名。大蕉皮晒干可入药，主治湿热(番禺)