先后隶属于南海郡番禺地（秦）、博罗县（汉三国）、宝安县（东晋咸和6年至唐全德二年）东莞县（唐全德二年至明历历元年）、新安县（明万历元年至清康熙五年）、东莞县（清康熙五年至清末）、宝安县（民国至中华人民共和国成立前）。
1949年10月至1951年属惠阳县第四区；1951年11月至1957年11月属惠阳县第七区；1957年12月至1958年3月属惠阳大鹏乡；1958年3月1958年11月属惠阳县大鹏公社；1958年11月至1983年7月属宝安县大鹏公社；1983年7月至1986年10月属宝安县大鹏区；1986年10月至1993年1月属宝安县大鹏镇；1993年1月至2004年8月属深圳市龙岗区大鹏镇；2004年8月至2011年11月29日属龙岗区大鹏街道，2011年12月30日，大鹏新区成立后，此处归属大鹏新区大鹏办事处。
2004年9月设立时经深圳市龙岗区民政局批准，定名为水头社区居民委员会，名称沿用至今。