宋代时南岗村称永宁乡。
秦氏先祖在唐代曾封永宁侯，后世卜居（“卜居”二字是从南岗始祖墓碑上得来的）在南岗建村，遂以为名，后改称南岗。
在清康熙至光绪年间属番禺鹿步司南岗堡。
民国20年（1931）为番禺县五区南岗堡乡所辖。
民国35年（1946），整编保甲，南岗村属番禺县五区南岗堡乡。
1950年4月，番禺设8区1镇时，南岗属番禺五区南岗乡所辖。
1953年4月，番禺行政区改为小区小乡建制，南岗、萝岗、黄陂3个小区19个小乡划为番禺七区。
南岗地区分6个小乡。
1955年10月，番禺县七区改称番禺县萝岗区。
南岗乡属萝岗区管辖。
1957年2月，番禺县撤区并乡，番禺萝岗区分为萝岗、南岗、黄陂3个大乡，南岗大乡设14个高级农业生产合作社。
1958年春，南岗大乡划入广州市郊区管辖，南岗大乡的14个高级农业生产合作社合并为五个大社，原南岗乡改称南岗社，各自然村隶属南岗社管辖。
在农村人民公社化高潮中，南岗、萝岗、黄陂3个大乡合并为萝岗人民公社，隶属广州市郊区管辖。
1960年4月，南岗生产大队归新成立的黄埔区南岗人民公社管辖。
1961年，南岗生产大队分为西生产大队和东生产大队。
1962年8月，西生产大队和东生产大队又合并为南岗生产大队，下设26个生产队，归广州市郊区萝岗人民公社管辖。
1975年7月，广州市郊区萝岗人民公社又划分为萝岗人民公社和南岗人民公社，萝岗人民公社归广州市郊区管辖，南岗人民公社归广州市黄埔区管辖，南岗生产大队划归黄埔区南岗人民公社管辖。
1984年，黄埔区南岗人民公社改称南岗区公所，南岗生产大队改称为南岗乡人民政府，归黄埔区南岗区公所管辖。
1987年3月，南岗区公所改称南岗镇，下设7个村民委员会，南岗乡人民政府改称为南岗村民委员会。
至2002年8月1日，黄埔区撤镇设街，南岗村民委员会撤销，设立南岗社区居民委员会并沿用至今。