莘田二村始建村之时名为莘田村，一九五八年改为三联村。
一九八七年又改为莘田二村。
据历史资料记载，谢姓、叶姓、明姓族人曾居住于粤东南雄珠玑巷，因避苏妃之难而南迁。
其时姓联百家，莘田二村三姓族人相继南下，择地建村，取名莘田村。
莘田二村原属番禺县，一九五一年隶属花县管辖。
1987年1月，北兴区公所成立莘田二村委会，隶属北兴区公所。
1987年3月，隶属北兴镇人民政府。
2005年2月，依据粤民区[2005]10号文件，莘田二村归由花东镇管辖，并沿用至今。