水口营村村民多姓商，始祖商禄公，朱明皇朝右承相徐达麾下之将士，来自北京河涧府（又名河间府）沧州南皮县北隅七图三角堤村。
洪武十二年（1404年），商禄公与副官许谅率部驻守广州北部禺北冬瓜窿（当时花都属古番禺治下）。
其时，元亡世乱，群雄四起，新政当权，不少地方盗贼四起，禺北地区，万山环峙，山深谷窈，口隘林丛，常为盗匪聚集之地。
商禄公奉命率部驻守，常与盗匪厮杀，许谅殉职，商家因军功也袭而食皇禄。
至清兵入关，商氏家族已世袭九代，早已不是最初的野战部队编制。
清顺治四年（1667年），顺治改革前明军功世袭俸禄制，但仍允许商氏家族于驻地辟地屯居，取良田自耕自食，以商氏第九代传人商大宾入籍番禺屯税，居水口屯（今水口营）。
五六十年代建社时曾称德星，七十年复原称。
按所在地水口营村而命名。
1987年1月，北兴区公所成立水口营村委会，隶属北兴区公所。
1987年3月，隶属北兴镇人民政府。
2005年2月，依据粤民区[2005]10号文件，水口营村归由花东镇管辖，并沿用至今。