明清时，属景顺乡小峒都小洞村。
民国时期，属二区小洞乡。
1951年12月设小洞乡，属高明县二区；1952年5月，改属高明高鹤县十一区；1954年6月，改属高明县二区。
1958年设小洞大队，属高鹤县合水公社。
1983年称小洞乡，属高明县合水区。
1987年设小洞村委会，1989年改称小洞管理区，属高明县合水镇。
1999年设立小洞村委会，属高明市合水镇。
2005年高明区部分镇（街道）行政区划调整，改属高明区更合镇。