相传村落始创于宋朝末年。
前属海阳县隆眼城都。
明成化十三年（1477）属饶平县隆眼城都。
1949年10月属澄海县隆都区。
1953年福洋、尾头、鹊巷、卢厝合称鹊巷乡。
1956年鹊巷乡、前埔乡、前沟乡、樟籍乡合称樟籍乡，属四区。
1958年成立澄海县人民公社，属第二支队211团。
1959年设鹊巷生产大队，属隆都人民公社。
1984年1月设区建乡，设鹊巷乡，属隆都区。
1986年11月撤区置镇，设鹊巷村，属隆都镇。
1990年9月设鹊巷管理区。
1998年9月设鹊巷村沿用至今。