明万历十四年（1586），张姓居民来此定居创乡。
原属饶平县隆眼城都。
1949年属澄海县苏北区。
1953年上墩、下长宁、上长宁、西浦、新楼，合称下长宁乡，属澄海县三区。
1957年属十五乡。
1958年9月成立澄海县人民公社，属第二支队207团。
1959年设上墩生产大队，属苏北人民公社。
1961年属十五乡人民公社。
1983年11月设区建乡，上墩、下长宁、新楼、西浦合设下长宁乡，属十五乡区。
1986年11月撤区置镇，设上墩村，属十五乡镇。
1990年设上墩管理区。
1995年属莲华镇。
1998年设上墩村，沿用至今。