清道光年间，属慕德里司番禺县辖。
民国二十年（1931年），番禺撤司设区，石马隶属第六区均和联乡管辖。
1949年，属禺北办事处管理。
1950年，属番禺六区管辖。
1952年12月番禺禺北进行调整，原番禺第六区改为第八区，以村建立小乡，石马划入石马乡管辖。
1958年1月，划归广州市郊区管辖，石马乡改称石马大队，属三元里人民公社。
1961年属嘉禾人民公社。
1962年11月，重新划归三元里公社。
1984年2月，经郊区政府批准改名清湖乡政府。
1987年撤销清湖乡政府设立清湖村民委员。
2002年7月由村改居，撤销清湖村委会，设立清湖北居委会和清湖南居委会，沿用至今。