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1955年10月合并区、乡机构后，今水草沟村仍属肖家乡辖。
1958年12月成立碧口公社，为碧口公社水草沟大队。
1961年公社划小，为肖家公社水草沟大队。
1983年10月肖家公社改为肖家乡，属肖家乡辖。
1984年4月水草沟大队改为水草沟村，村下建合作社。
1986年设立水草沟村村民委员会，所属合作社改称村民小组。
2004年4月撤销肖家乡，水草沟村并入中庙乡，属中庙乡辖。
2016年中庙乡改为中庙镇，属中庙镇辖。