上古时期，南极庙村属北狄管辖，夏朝时属雍州，为北豳国的属地，商朝时属北狄彭国管辖，周朝为义渠戎国管辖，秦朝时归北地郡义渠县管辖，汉朝归郁郅县管辖，东汉末年，羌戎入侵，归羌人所辖，三国时被匈奴所占，隋朝归弘化县管辖，唐朝归白马县管辖，宋朝属于桐川县管辖，元朝归彭原县管辖，明代清代归安化县管辖，民国时归庆阳县桐川乡管辖。
新中国成立后的1949年10月，南极庙村属桐川区公署安家寺乡；1950年6月，随安家寺乡划入驿马区公所；1953年10月，随安家寺乡复归桐川区公所；1955年11月，安家寺（含南极庙村）、小园子两乡合并为安家寺乡，再次划归驿马区公所；1956年3月，驿马区公所撤销，南极庙村随安家寺乡直属县人委；1958年9月，驿马、安家寺、党崾岘三个乡合建为驿马公社，南极庙村改称南极庙大队属驿马公社；1961年5月，增设安家寺公社，南极庙大队属安家寺公社；1965年2月，安家寺、党崾岘两公社合并为桐川公社，南极庙大队属桐川公社；1983年12月，改称桐川乡人民政府南极庙村民委员会；1989年9月，安家寺乡从桐川乡析出，南极庙村属安家寺乡人民政府；2005年8月，安家寺乡撤，南极庙村划归驿马镇人民政府管辖至今。