两汉、北朝北魏、西魏时期，昌宁镇境域属宣威县。
北朝北周至隋时，属姑臧县。
唐时，属明威府。
元时，永昌路。
明时，属镇番卫。
清时，属镇番县。
清乾隆二十七年(1762年），开垦。
民国二十三年（1934年），属第一区，为昌宁乡。
民国二十五年（1934年），属第一区，为东西昌宁联保。
民国三十六年（1947年），属大坝乡。
1950年1月，属第八区，为第八乡。
1953年12月，属第二区，为昌宁乡。
1956年9月，仍为昌宁乡。
1958年10月，成立昌宁公社。
1960年7月，并入“八一“农场，为八分场。
1961年3月，从“八一“农场划归民勤县，仍为昌宁公社。
1983年4月，设昌宁乡。
2015年，撤乡，设昌宁镇。