1943年，属莆田县南日乡五屿保；中华人民共和国成立后，属莆田县十三区五屿保、五屿乡，二十四区五屿乡，南日乡五屿乡；1958年，改为莆田县南日人民公社五屿乡；1961年，改为莆田县南日人民公社双岛大队；1968年，改为莆田县南日人民公社赤山大队；1984年，改为莆田县南日乡赤山村；1993年属莆田县南日镇；赤山村第一批于2015年10月份、第二批2016年10月份搬迁至南日镇三墩村草湖。
2002年2月，属秀屿区南日镇赤山村。