明清时期称岐阳乡，清末民初称“合北里东岐乡”属闽侯县管辖。
民国时属林森县闽亭镇管辖。
解放后，东岐先后隶属闽侯县第三区、马尾区和亭江区。
1956年东岐高级社，1958年东岐大队，1961年12月改属福州市郊区。
1963年1月至1969年11月为亭江区闽安公社东岐大队，1971年3月隶属福州市马江区亭江公社。
1975年5月又改属福州市郊区亭江公社。
1984年9月为福州市郊区亭江乡东岐村。
1988年12月至1995年11月为福州市郊区亭江镇东岐村，1995年11月改属福州市马尾区亭江镇。