南宋绍兴三年置县时，归属莲城县，设北团寨巡检司于此。
元代时改“莲”为“连”，属连城县。
至明初改二里四团为六里，北团改称北安里，沿用至清末。
民国时复称北团，为镇的建制。
土地革命时曾建立过红色政权，设山下区苏维埃政府。
1949年前设北团镇公所，1949年初与隔川合并为共和区，后改为北团区，下辖山溪、罗王、石螺三个乡，1958年成立金星人民公社，1960年与罗坊、四堡合并，仍称金星，1964年分社，称北团人民公社，1984年为北团乡，1992年撤乡建镇，改为北团镇，至今沿用。