磐石村旧时属候官县管辖，民国时期属闽侯县管辖，解放前夕属林森县管辖，1949年8月17日福州解放初期属洪山区管辖。
1953年洪山区撤消，成立新店区，磐石属新店区管辖。
1958年9月新店区撤消改称郊区人民公社新店分社，磐石属新店分社管辖，同时改为磐石大队，1979年磐石大队属环城区管辖，1982年8月又恢复福州郊区管辖，1984年9月磐石大队改名为磐石村民委员会，由新店乡人民政府管辖，村委会开始村民自治，1992年新店乡改为新店镇，现磐石村委会设在王厝头山北路77号。