明清两代溪源都属均亭里（驻地回瑶）。
民国十六年（1927）之前政区未变更，民国十七年（1928）改区乡制，溪源属一区（童游）回瑶乡。
民国二十一年（1932）成立溪源保，属回瑶联保。
民国二十九年（1940）属一区（城坊）回瑶乡管辖。
民国三十四年（1945）1月，合并乡镇，溪源保归徐市镇管辖，直到民国三十八（1949）年5月前，中华人民共和国成立后，经过土地改革成立洪（尾）溪（源）乡，属三区（徐市）。
1952年溪源乡、回瑶乡等三乡合并称东南乡，隶属（城关）。
1958年10月，人民公社建立后，溪源属回瑶大队。
1961年成立溪源大队，1984年溪源大队改为溪源村村民委员会，属童游乡管辖。
2002年12月后，归潭城街道管辖，2014年，溪源村被南平市评定为“五星级美丽乡村”。
2022年2月23日后，归宝山街道管辖。