明清时代属崇泰里（今莒口镇）管辖，民国十六年（1927）前，上黄墩、陈墩属崇泰里，民国十七年（1928）废除里图；设区乡，黄墩由一区（童游）水南乡管辖，民国二十一年（1932）施行联保制，黄墩隶属城关联保。
民国三十年（1941）属城关乡。
民国三十四年（1945）1月并乡，城关乡撤销，黄墩隶属景贤镇。
到民国三十八年5月前，政区未曾变动，建国后的1952年，考亭、周墩、严墩、黄墩合并四贤乡，属一区（城关）管辖。
1955年调整行政区，黄墩属后山区。
1958年人民公社化，属城关公社考亭大队。
1961年黄墩生产小队从考亭划出，成立黄墩大队，属城关公社。
1984年黄墩大队改为黄墩村，属童游乡管辖，2002年12月后属潭城街道管辖至今。