溪源乡位于该乡东溪与楚溪汇合口，故原名为楚上溪口，因驻地村名与建宁城外溪口同名，1950年改为溪源。
现以乡驻地溪源村名为乡名。
宋代至清代为东乡的楚上、楚下保部份。
民国时期为第二区所辖的东安乡。
第二次国内革命战争苏维埃时期，属陈岭（溪口）区，并一度划归泰宁县苏维埃管辖。
民国22年（1933年）11月，闽赣省领导机关由黎川县德胜关迁驻建宁县城时，一度停驻楚上溪口（今溪源村）。
民国23年（1934年）1月，在溪源乡都团村建立黎南县，是县委、县苏维埃政府所在地。
1950年建宁解放后，同年7月成立四区，溪源属四区。
1953年区政府从黄坊迁址溪源。
1956年改为溪源区公所。
1958年成立溪源人民公社。
1959年迁址黄坊改为黄坊人民公社，1972年从黄坊人民公社划出溪源等九个大队成立溪源人民公社。
1984年改为溪源乡人民政府。