1953年，石里村成立，隶属七星乡；同年9月，由七星乡析出早阳乡，石里村隶属早阳乡；1955年，早阳乡并入七星乡，石里村隶属七星乡；1956年，七星乡并入两坪乡，石里村隶属两坪乡；1958年，石里村更名为石里区队，隶属早阳公社；1960年，早阳公社并入两坪公社，隶属两坪公社；1961年，恢复早阳公社，石里区队更名为石里大队，隶属早阳公社；1984年，石里大队更名为石里村；1992年，撤销早阳乡，隶属巫峡镇；2004年，合村并组，隶属巫峡镇。
2020年6月，经县政府批准，撤销石里村村民委员会，新成立石里社区居民委员会，沿用至今。