原为明代养马之地，称兔南马房。成村后村内人家多开旅店，清代初年京城赴髻山进香的行人车马多宿此地，故名。民国初期属顺义县第三区，驻有警备小队。抗日战争时期，隶属抗日联合县，为游击队与日伪军双方争夺的要地，化名为“大厂”。1949年4月划属顺义县第二区。
村党支部建于1948年。
该村在清代有恭亲王府旗地。1941年1月平密兴联合县县长朱晓宣在此开辟抗日游击区。1944年8月二区小队拔除小店敌据点。
小店村位于杨镇西南部，现有住户345户，人口957人，耕地面积2384亩。
党支部书记：刘松 联系电话：61412904