1958年以前南宫村叫南宫村农业合作社，1958年成立南宫村大队，1984年成立经济合作社，1986年改名为南宫村公所、南宫村党总支、南宫村农工商联合公司。
1998年南宫村村公所改名为南宫村村委会，2000年12月29日，经过股份制改造，正式注册成立北京南宫恒业工贸集团有限公司。
2001年7月1日，党总支正式改建为南宫村党委。
现南宫村三套班子分别为：南宫村党委、南宫村村民委员会、北京南宫恒业工贸集团有限公司。