明代成村。
清代，小屯村为大清直隶省宛平县一区的一个村。
民国时称中华人民共和国河北省宛平县小屯村，1945年前，小屯村为联保建制，1949年小屯村划归北平市十六区，1949年6月并入15区，1952年改15区为丰台区，小屯村为丰台区行政范围，1955年，小屯村在五个初级农业生产合作社的基础上，成立了小屯高级农业生产合作社，称小屯乡。
1956年，小屯高级农业生产合作社成立。
1958年，小屯村为卢沟桥东方红人民公社小屯分大队。
1964年9月卢沟桥公社改名为卢沟桥中罗友好人民公社。
小屯村为卢沟桥中罗友好人民公社小屯大队小屯分大队。
1971年与其他村完全脱离，称小屯大队，1983年3月改称为小屯乡，1984年8月，撤设建乡建村，政企分开，卢沟桥人民公社改为卢沟桥农村办事处；小屯村为小屯乡乡政府，1987年9月，乡制变更，小屯乡改为小屯村公所，1992年成立小屯农村经济合作社，小屯农工商联合公司。
1998年改为小屯村村民委员会。