清河街道前身为颍南镇；1996年3月，设立清河街道办事处，属颍州区管辖。
同时将原泉河乡的文峰、二里井、莲花、谷堆、七里河5个村委会和文峰一村、文峰二村、二里井新村、桃园4个居委会及中市街道办事处的颍西居委会划归清河街道管理。
10月设立文峰街道办事处时，将文峰一村、文峰二村、二里井新村、桃园、颍西5个居委会和文峰、二里井、莲花、谷堆、七里河5个村委会划归文峰街道管辖。
1997年7月，从清河街道划出七里铺、陈庄、申寨、邢集、田庄、黄庄、张桥7个行政村，归阜阳市经济开发区管辖。
2003年9月，原清河村改建为清河社区，原东清村改建为奎星苑、三里岗、中清社区。
2006年12月，又划出苗庄、洪郢、九里3个行政村及六里行政村的一部分归阜阳市经济技术开发区管辖。
2007年12月，划出桥口、七里铺、张桥、陈庄、南三角、黄庄、新阳、邢集、申寨、田庄10个行政村归新成立的京九路街道办事处。
并且原贾庄村、西清村、六里村分别改建为贾庄社区、西清社区、万霖社区。
2008年3月，原清河社区划分为清河社区和双清社区，此时清河街道辖清河、双清、奎星苑、三里岗、中清、贾庄、西清、万霖社区和沿河、十里井村。
2015年12月将颍西街道八里、卜子，京九路街道唐营、九里、洪郢、张大营村、肖营村等5个社区和2个村划归清河街道。
2016年4月将清河、双清、奎星、三里岗、中清、沿河、十里井全部和贾庄、万霖、西清部分划转到文峰街道和鼓楼街道管辖。
截至2021年末辖西清、唐营、苗庄、九里、洪郢、万霖、八里、卜子和张大营、肖营10个社区。