黄庙村，1949年之前，属怀远县马头城区，1949年初，划属凤阳县宫集区，1952年5月宫集区划归怀远，设马城区，属马城区庙前乡。
1958年9月撤区建社，名黄庙大队，属马城人民公社。
1977年黄庙分为蒲黄、年湖两个大队。
1980年1月设区划社，蒲黄大队，属马城区庙前人民公社。
1984年1月，以社建乡，以队建村，“蒲黄大队”更名为“蒲黄村村民委员会”，属马城区庙前乡。
1992年3月，撤区并乡，属马城镇。
2005年2月并村，蒲黄、年湖又合并为黄庙村，仍属怀远县马城镇。
2013年9月，划入蚌埠，属禹会区马城镇，名称一直沿用至今。