1949年废除保甲制，为自然村庄；1952年为耿巷、柏林院两农业初级合作社；1958改为耿巷、柏林院两大队，属朱湾公社；1965年随朱湾公社划属耿巷公社；次年属太阳升公社；1971复属耿巷公社，同年建农科大队；1981年农科大队更名耿巷农科大队；1984年公社改乡，大队改村，改置耿巷乡，置耿巷、柏林、耿巷农科三村；1992年2月撤区并乡，三村随耿巷乡并入吴圩镇；次年复属耿巷乡；2001年12月三村再次随耿巷乡并入吴圩镇；2007年村级区划调整，耿巷、柏林院与耿巷农科三村合并成立新的耿巷村，隶属不变。