1949年初属肥东县吴店区吴店乡；1958年属埠里公社；1965年划归长丰县，由埠里公社划出成立吴店公社，为吴店公社吴店大队；1968年吴店公社并入罗集公社，吴店大队属之；1971年再置吴店公社，吴店大队属之；1983年体制改革，为吴店乡吴店村；1992年3月撤区并乡，随吴店乡并入双墩镇，隶属双墩镇；后原上洼村的小魏庄、杨糖坊、上刘洼、下刘洼、倪岗、河洼、孙岗并入吴店村；2002年吴店村改为吴店社区，隶属双墩镇至今。